Berdasarkan Pasal 1 ayat (2) Peraturan Sekretaris Jenderal DPR RI No. 400/SEKJEN/2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekretariat Jenderal DPR RI, Sekretariat Jenderal DPR RI dipimpin oleh Seorang sekretaris Jenderal. Pasal 1 ayat (3) mengatur bahwa Sekretaris Jenderal dibantu oleh seorang Wakil Sekretaris Jenderal dan 4 (empat) orang Deputi. Salah satu Deputi yaitu Deputi Bidang Anggaran dan Pengawasan, yang salah satunya membawahi Biro Analisa Anggaran dan Pelaksanaan APBN. Dalam menjalankan tugasnya, Biro Analisa Anggaran dan Pelaksanaan APBN menjalankan 2 (dua) program, yakni Program Pelaksanaan Fungsi Anggaran DPR RI yang dikelola oleh Sekretariat Badan Anggaran dan Program Dukungan Manajemen Pelaksanaan Tugas Teknis Lainnya Sekretariat Jenderal DPR yang dikelola oleh Bagian Analisa Pendapatan Negara dan Belanja Negara serta Bagian Analisa Hasil Pemeriksaan BPK dan Pengawasan DPD. Bagian Analisa Pendapatan Negara dan Belanja Negara memiliki tugas memberikan dukungan keahlian dalam bentuk penyelenggaraan analisis dan referensi dalam pembahasan RAPBN. Sedangkan Bagian Analisa Hasil Pemeriksaan BPK dan Pengawasan DPD memiliki tugas memberikan dukungan keahlian dalam bentuk penyelenggaraan analisis dan referensi terhadap Pembahasan Hasil Pemeriksaan BPK dan Pengawasan, Pertimbangan DPD.
Terbitnya Undang-Undang Nomor 17 Tahun 2014 tentang Majelis Permusyawaratan, Dewan Perwakilan Rakyat, dan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (UU tentang MD3) berimplikasi pada adanya perubagan sistem pendukung di DPR RI. Sebelum terbitnya UU tentang MD3, sistem pendukung DPR RI diberikan oleh Sekretariat Jenderal DPR RI, baik dukungan administrasi maupun keahlian. Terbitnya UU tentang MD3 tersebut memgamanatkan pembentukan Badan Keahlian DPR RI yang memiliki fungsi memberikan dukungan keahlian bagi pelaksanaan tugas dan fungsi DPR RI. Amanat untuk membentuk Badan Keahlian DPR kemudian direalisasikan melalui penerbitan Peraturan Presiden RI Nomor 27 Tahun 2015 tentang Sekretariat Jenderal dan Badan Keahlian DPR RI. Berdasarkan Peraturan Presiden tersebut, Badan Keahlian terdiri dari 5 (lima) pusat. Kemudian, Peraturan Presiden rersebut diturunkan melalui Peraturan Sekjen DPR RI Nomor 6 Tahun 2015 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja Sekretariat Jenderal dan Badan Keahlian DPR RI, yang mengatur bahwa 2 (dua) pusat dari 5 (lima) pusat di Badan Keahlian DPR RI adalah Pusat Kajian Anggaran (PKA) dan Pusat Kajian Akuntabilitas Keuangan Negara (PKAKN).
Dari sisi tugas dan fungsi, PKA merupakan transformasi dari Bagian Analisa Pendapatan Negara dan Belanja Negara dan PKAKN merupakan transformasi dari Bagian Analisa Hasil Pemeriksaan BPK dan Pengawasan DPD yang berada di bawah Biro Analisa Anggaran dan Pelaksanaan APBN. Berdasarkan Peraturan Sekjen DPR RI Nomor 6 Tahun 2015 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja Sekretariat Jenderal dan Badan Keahlian DPR RI, PKA memiliki tugas memberikan dukungan keahlian kepada DPR RI dalam pelaksanaan pembahasan dan penetapan APBN. Sedangkan PKAKN memiliki tugas memberikan dukungan keahlian kepada DPR RI dalam pelaksanaan pengawasan terhadap pengelolaan dan tanggung jawab keuangan negara.
Dalam perkembangannya, terjadi perubahan struktur di Sekretariat Jenderal dan Badan Keahlian DPR RI dengan terbitnya Peraturan Presiden Nomor 26 Tahun 2020 tentang Sekretariat Jenderal. Terbitnya beleid tersebut memposisikan Badan Keahlian secara fungsional bertanggungjawab kepada DPR RI dan secara administratif berada di bawah Sekretariat Jenderal. Peraturan Presiden tersebut tetap mengatur bahwa terdapat 5 (lima) pusat berada di bawah Badan Keahlian Sekretariat Jenderal DPR RI. Berdasarkan Peraturan Sekretaris Jenderal DPR RI Nomor 3 Tahun 2023 tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Sekretaris Jenderal Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia Nomor 6 Tahun 2021 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Sekretariat Jenderal Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia, PKA dan PKAKN tidak lagi berdiri sendiri sebagai 2 (dua) pusat dari 5 (lima) pusat yang berada di bawah Badan Keahlian Sekretariat Jenderal DPR RI. Namun dilakukan dilakukan penggabungan PKA dan PKAKN menjadi Pusat Analisis Anggaran dan Akuntabilitas Keuangan Negara (PA3KN). PA3KN mempunyai tugas mendukung kelancaran pelaksanaan wewenang dan tugas Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia di bidang anggaran dalam penyusunan dan penetapan anggaran serta pelaksanaan dan pengawasan keuangan negara.
Gedung Sekretariat Jenderal DPR RI, Lantai 6, Jl. Jend. Gatot Subroto, Senayan, Jakarta Pusat 10270. Telp. 021-5715.269 / 5715.635 / 5715.656 - Fax. 021-5715.635